兩者的區(qū)別還是比較多的，重要的方面包括這么幾點：

　　一，商業(yè)秘密是企事業(yè)單位已經(jīng)掌握的技術(shù)或者信息，保密協(xié)議也就是要求不得外泄這些技術(shù)秘密和經(jīng)營信息;竟業(yè)禁止是針對相關(guān)核心人員固有技能的，竟業(yè)協(xié)議防止的是相關(guān)技能在競爭對手或者既能擁有者本人在非公司場所使用，從而降低公司的競爭力也就是增大了外界競爭壓力。

　　二，商業(yè)秘密原則上屬于法定附隨義務(wù)，只要圈定了商業(yè)秘密的范圍并和員工有了明確說明就應(yīng)該遵守保守商業(yè)秘密的約定，而且是不需要補(bǔ)償?shù)模�正如普通的銷售合同中常有的雙方需要保密的條款;竟業(yè)禁止屬于約定義務(wù)，他限制了員工離職后的自由擇業(yè)權(quán)利，特別是在分工比較細(xì)化的今天，同行業(yè)禁止很多時候會影響員工的將來的收益，這也是為什么法律法規(guī)要求約定的時候必須有補(bǔ)償?shù)脑�因�?目前江蘇要求三分之一，但我覺得法律規(guī)定其實是有很多問題的，并沒有充分考慮企業(yè)實際情況和整體司法環(huán)境——個人觀點，可以討論)

　　三，在員工簽訂相關(guān)的安排上，保密協(xié)議根據(jù)需要可以和所有員工都簽訂;而竟業(yè)協(xié)議只能和相關(guān)核心人員簽訂，并且實事求是，有必要才簽，沒有必要就不簽了，因為如果和所有人簽訂，一來在出現(xiàn)糾紛通過司法途徑解決時對竟業(yè)協(xié)議的效力解釋會受到影響，二來給公司帶來的補(bǔ)償成本也太高。

　　四，在期限上，保守商業(yè)秘密原則上沒有期限限制，也就是任何時候都不得泄露單位秘密;竟業(yè)禁止因為牽涉到個人利益和社會生產(chǎn)力發(fā)揮的問題，一般是有法律明確規(guī)定限制的，比如江蘇省勞動合同條例就是不得超過三年。